Moleküle. 2022 3. Dez.;27(23):8501. doi: 10.3390/molecules27238501.
Entwicklung von Phosphoramidit-Reagenzien für die Synthese basenlabiler Oligonukleotide, modifiziert mit einem linearen Aminoalkyl- und Amino-PEG-Linker am 3'-Ende
Zusammenfassung
Oligonukleotide mit einem Aminolinker am 3'-Ende eignen sich zur Herstellung konjugierter Oligonukleotide. Allerdings können chemisch modifizierte Nukleoside, die unter basischen Bedingungen instabil sind, nicht mit der herkömmlichen Methode, die die Herstellung von Oligonukleotiden mit einem 3'-Aminolinker erfordert, in Oligonukleotide eingebaut werden. Daher haben wir Fmoc-geschützte Phosphoramidite für die Synthese basenlabiler Oligonukleotide entwickelt, die mit einem 3'-Aminolinker modifiziert sind. Die resultierenden Phosphoramidite wurden dann erfolgreich in Oligonukleotide eingebaut, die einen 3'-Aminolinker trugen. Zur Schutzgruppenentfernung wurden verschiedene Grundlösungen untersucht. Alle Schutzgruppen wurden durch zweistündige Behandlung der Oligonukleotide mit 40 %igem wässrigem Methylamin bei Raumtemperatur entfernt. Dadurch wurden die Entschützungszeit und die Temperatur im Vergleich zu den herkömmlichen Bedingungen (28 % NH3 aq., 55 °C, 17 h) deutlich reduziert. Darüber hinaus konnten die Oligonukleotid-Schutzgruppen mit einer milden Base (z. B. 50 mM Kaliumcarbonat-Methanol-Lösung) entfernt werden. Darüber hinaus wurden mit den entwickelten Phosphoramidit-Reagenzien basenlabile Oligonukleotide mit einem Aminolinker am 3'-Ende erfolgreich synthetisiert, was den Nutzen unserer Strategie unterstreicht.
Schlüsselwörter: 3â²-Modifikation; Aminolinker; basenlabiles Oligonukleotid; konjugieren.
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